Hanamizuki lấy bối cảnh chính là tại Hokkaido Nhật Bản. Sae là cô bé học sinh trung học đang trong quá trình ôn luyện để thi vào đại học. Cô mất cha khi còn rất nhỏ và sống cùng người mẹ làm y tá. Cha của Sae, Kemimichi đã trồng một cây hoa Thủy Mộc trong vườn sau khi ông phát hiện ra mình đang mắc bệnh ...